Gereja Kristen Indonesia (GKI) San Francisco
diprakarsai oleh mereka yang mempunyai latar
belakang GKI di Indonesia. Kerinduan mereka
adalah mendirikan gereja yang bercorak atau
paling tidak mempunyai hubungan dekat dengan
latar belakang mereka. Para pemrakarsa adalah:
- Pdt. Siem Tjien Hing,
- Bapak M. John Nizar,
- Bapak Jim I.H. Tian,
- Bapak Joshua Budiman, dan
- Bapak Susanto Purwo.
Melalui Pdt. Siem Tjien Hing, GKI San Francisco
mendapat tempat berbakti di St. Matthew Lutheran
Church, 1328-16th Street (at Dolores). Kebaktian
Minggu pertama kali diadakan tanggal 1 Desember
1991 mulai pukul 4 sore. Sejak saat itu pula Pdt.
Simon Jonatan diminta untuk melayani sebagai
Pastor.
Atas kerinduan sejumlah jemaat di San Jose, Pdt.
Siem Tjien Hing dan Pdt. Simon Jonatan melayani
persekutuan pemahaman Alkitab di sana. Pada
tanggal 1 Nopember 1992 pukul 10 pagi, dimulai
Kebaktian Minggu GKI San Jose di Imanuel Lutheran
Church, 1710 Moorpark Avenue (at Leigh).
Sejak Januari 1996, Pdt. Simon Jonatan melepaskan
pelayanannya di GKI San Jose dan hanya melayani
di GKI San Francisco.
Pada tanggal 14 Mei 1996 GKI San Francisco
diterima sebagai bagian Mission of San Francisco
Presbytery dari Presbyterian Church (U.S.A.).
Karenanya, tempat kebaktian dipindahkan dari St.
Matthew Lutheran Church ke St. Paul Presbyterian
Church, 1399-43rd Avenue (at Judah). Kebaktian
Minggu diadakan di sana mulai tanggal 2 Juni
sampai 27 Oktober 1996.
Mulai tanggal 3 Nopember 1996, GKI San Francisco
menyelenggarakan kebaktian dan
kegiatan-kegiatannya di Lakeside Presbyterian
Church, 201 Eucalyptus Drive (at 19th Avenue).
Atas rahmat Tuhan, dalam acara khusus saat
Kebaktian Minggu pada tanggal 5 Maret 2000, GKI
San Francisco secara resmi diterima menjadi
gereja anggota di dalam Presbyterian Church
(U.S.A.) dan berada di wilayah Presbytery of San
Francisco, Synod Pacific.
Sejak 1 Juni 2004 Pdt. Simon Jonathan
mengundurkan diri dari jabatan Pastor GKI San
Francisco. Presbytery San Francisco menetapkan
Pdt. Deetje Tiwa, D.Min. sebagai Pastor Interim
GKI San Francisco terhitung mulai tanggal 1
September 2004. Pdt. Deetje Tiwa mengakhiri
pelayanannya pada tanggal 31 Maret 2007.
Pada tanggal 1 April 2007, Rapat Jemaat
menetapkan Pdt. Augustines Kermite sebagai
Pastor.
Karena kesulitan dalam proses administrasi,
sangat disayangkan Pdt. Kermite tidak bisa
memimpin GKI San Francisco dan harus pulang
kembali ke Indonesia.
GKISF lalu mengaktifkan kembali Panitia Nominasi
Pendeta untuk mencari pendeta tetap selanjutnya.
Selama Panitia ini bekerja, Pdt. Antonius
Setiawan diundang untuk memimpin GKISF.
Pada bulan Juni 2009, Panitia Nominasi Pendeta
mengajukan Ibu Pdt. Deetje Tiwa sebagai pendeta
tetap GKISF dan hal ini disetujui dalam suatu
rapat jemaat.
Pdt. Deetje Tiwa mulai memimpin GKI San Francisco
pada hari Minggu, 20 September 2009, dan secara
resmi diteguhkan menjadi Pendeta GKI San
Francisco dalam kebaktian minggu tanggal 1
November 2009.